V období komunistické nadvlády

Po tzv. „Vítězném únoru", v roce 1948 začala Komunistická strana Československa intenzívně zasahovat do činnosti i organizace církví, především církve římsko-katolické. V prvním okamžiku byla snaha KSČ začlenit ji do rodící se Národní fronty a vytvořit z ní národní lidovou náboženskou společnost, v níž by teprve postupně bylo likvidováno náboženství jako „opium lidstva“. Tyto počáteční představy nositelů moci však narazily na mimořádně pevné ideové a organizační postavení katolické církve, která nemínila ustoupit jak v otázkách mravních a etických zásad, tak věrnosti papeži. Není proto divu, že brzy komunisté vyhlásili katolickou církev v Československu za nepřítele číslo jedna. Už 27. února 1948, dva dny po převzetí moci, bylo z úřední moci zastaveno vydávání katolických periodik a 25. března zrušeno církevní školství. Prostřednictvím akčních výborů Národní fronty zasahovali místní komunističtí funkcionáři do vnitřních záležitostí církve, postupně byli zatčeni nebo internováni vedoucí církevní hodnostáři. Zásadní úpravy ve vztahu státu a církve přinesly tzv. církevní zákony z roku 1949. Stát jimi na sebe převzal veškerá patronátní práva nad církvemi a duchovenskou činnost mohla nadále vykonávat jen osoba, která obdržela státní souhlas. Personálním úřadem duchovních se staly okresní národní výbory a nově zřízený Státní úřad pro věci církevní mohl prostřednictvím krajských a okresních církevních tajemníků zasahovat do veškerých církevních záležitostí. K 1. lednu 1950 přešly do majetku státu i dosavadní církevní matriky. Léta 1948-1953 znamenaly také likvidaci křesťanských spolků a společností a tím i samosprávné občanské aktivity a iniciativy.

Mezi prvními zatčenými duchovními na uherskohradišťském okrese byl jezuita Rudolf Vašíček z Velehradu, který navzdory státnímu zákazu přečetl 19. června 1949 pastýřský list československých biskupů a byl za to dosouzen na 23 let za velezradu. Olomoucký arcibiskup Josef Matocha, rodák z Pitína, byl vězněn ve své rezidenci od roku 1950 až do své smrti v roce 1961. Policejní akcí v noci z 13. na 14. dubna 1950 byl zabrán františkánský klášter v Uherském Hradišti a do věznic se dostala řada kněží a členů řeholních řádů. Postupně byly zakázány mše v nemocnici, průvody mimo kostel, zvyšovala se perzekuce kněží i věřících. Soustavný tlak a teror, který rozpoutal komunistický režim, přiměl ovšem i řadu věřících a duchovních ke kolaboraci s novou mocí. Takovým projevem bylo vytvoření schizmatické Katolické akce v roce 1949 nebo celostátní konference „vlasteneckých kněží“ na Velehradě počátkem července 1950 za aktivní účasti exkomunikovaného kněze Josefa Plojhara.

Určité uvolnění náboženského pronásledování přinesla 2. polovina šedesátých let. V roce 1965 byla zavedena změna liturgie podle II. Vatikánského koncilu, v roce 1968 se na čas vrátili do Uherského Hradiště členové františkánského řádu (např. Aleš Zlámal, E. Bárta, Jan Pekárek, Prokop Jan Kolek a Emil Bonvenut Mitošinka), v duchovní správě mohli jako důchodci vypomáhat bývalí političtí vězni P. Tomáš Loprais či P. Jan Huňka a další. Pod organizačním vedením Dr. Antonína Šuránka byla opravena kaple na Rochusu, poničená dvouměsíčním pobytem sovětských vojsk v jejím okolí po invazi 21. srpna, a kaple sv. Šebestiána na Palackého náměstí. V sedmdesátých létech však byla další duchovní a pastorační činnost opět tvrdě potlačena, a tak se zdejší kněží museli věnovat spíše stavební údržbě církevních objektů než duchovní pastoraci.

Významné hosty přivítalo naše město 10. dubna 1985, kdy se při příležitosti 1.100 výročí úmrtí sv. Metoděje konala kněžská pouť na Velehrad. Řada kněží se tehdy zúčastnila večerní mše ve františkánském kostele a byl zde uvítán i kardinál František Tomášek. Mezi „přísně sledovanými„ hosty města byli i biskupové bez státního souhlasu Karel Otčenášek, Kajetán Matoušek a Peter Dubovský. Svatometodějské oslavy vyvrcholily pak na Velehradě 5.-7. července 1985, kdy byly doprovázeny první manifestací veřejnosti proti totalitě v Československé republice. Také v dalších letech se věřící z naší farnosti připojovali k protestům proti potlačování náboženských svobod, zejména při podpisování petice Augustina Navrátila v roce 1988, jejíž text v Uherském Hradišti rozšiřovala skupina kolem jáhna Františka Konvalinky (1942-1989). V roce 1991, kdy byl po šedesáti letech opět statisticky mapován náboženský stav Československa, se v Uherském Hradišti z celkového počtu 26.765 obyvatel města přihlásilo k římsko-katolickému náboženství 14.875 osob (55,6 %), k evangelickému 267 osob (1 %), k Čs. církvi husitské 128 osob a k jiným denominacím 135 osob (tj. po 0,5 %). Bez vyznání bylo 7.969 osob (29,8 %) a své vyznání neudalo 3.391 osob (12,6 %).

Na území města v současnosti zastupují Církev římsko-katolickou farní úřady v Uherském Hradišti a v Sadech, Církev českobratrská evangelická má farní sbor v ulici Jana Blahoslava, Církev adventistů sedmého dne na Žerotínově ulici a modlitebnu v Mařaticích má i odbočka Církve Ježíše Krista Svatých posledních dnů (mormoni). Kontaktní místa tu mají i další církve a náboženské společnosti, např. Církev československá husitská, Jednota bratrská, Bratrská jednota baptistů, Svědci Jehovovi či členové Hare kršna (jogíni) z ašramu (střediska) ve Střílkách.

Symbolickým ukončením padesáti let dvojí totality byla historická návštěva papeže Jana Pavla II. v Československu, vrcholící 22. dubna 1990 příjezdem na památný Velehrad. S desítkami kardinálů, biskupů a kněží zde sloužil slavnou liturgii, při níž mj. připomněl význam mise sv. Cyrila a Metoděje, znamenající zrození Slovanů k novému vědomí, kultuře a evropské jednotě. V závěru své homilie obrátil Svatý Otec pozornost k velkomoravskému kříži, nalezenému na sadské výšině v roce jedenáctistého výročí příchodu slovanských věrozvěstů na Moravu, který nese velehradské poselství pro všechny věky: Ježíš - Světlo - Život - Vítězství.